細菌検査室では、尿、痰、便、膿、血液などあらゆる検体について検査を行い、感染症を起こしている菌（病原菌）を特定し、どの抗菌薬を使えば効果があるのかを調べています。 検査は以下の手順で行います。
ガラス板に検体を塗布して染色し、顕微鏡で細菌の有無を直接観察します。
菌の形状や染色の染まり具合から病原菌をある程度推定できる場合もあります。
検体をさまざまな栄養素を含んだ寒天培地や液体培地に塗布して菌を培養します。
培養して発育した菌の病原菌名を決定します。
当院は質量分析装置を導入しています。この装置は、レーザー照射で試料中のタンパク質をイオン化して分析し、分析されたタンパク質のパターンから病原菌名を決定するものです。従来の方法では病原菌の特定に約１日かかっていましたが、この装置を使用することで10分程度に短縮できるようになりました。
検出された病原菌に対して効果のある抗菌薬を調べ、感染症治療に役立てています。
また、近年話題となっているさまざまな薬剤耐性菌の検出も行っています。
その他、インフルエンザウイルスやノロウイルスなどは迅速キットで検査しています。
また、新型コロナウイルスのPCR検査も行っています。
チーム医療としては、薬剤耐性菌や新たな病原体などの出現に対して、院内感染対策委員会や感染対策チーム（ICT）、抗菌薬適正使用支援チーム（AST）の一員として、病院感染対策に取り組んでいます。
質量分析装置
（MALDIバイオタイパー）
PCR装置
（ジーンリード エイト）
